Program Studi Sistem Informasi  berdiri di bawah naungan Fakultas Teknik dan Informatika (FTI) dan diselenggarakan sejak tahun 2003 serta telah terakreditasi BAN PT dengan nilai "B".

Kurikulum Program Studi Sistem Informasi Universitas Gajayana berbasiskan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) - Outcome Based Education (OBE) dengan berorientasi pada Kebijakan Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM).